本共识经中国妇幼保健协会生育保健分会组织国内临床专家、辅助生殖专家、遗传学专家及实验室技术专家讨论制定,用以规范携带者筛查的实验室检测和临床实施。
单基因遗传病是导致出生缺陷的重要原因之一。如果在备孕期或孕早期通过检测夫妇双方携带情况,进而对其进行遗传咨询及生育选择指导,就有可能降低此类疾病的生育风险。
本共识以主流的采用高通量目标区域测序技术开展多疾病联合筛查为代表,对实验室检测流程和报告解读部分,制定了如下共识:
实验室检测流程及报告解读
一、检测流程的建立
1. 样品收集:建议优先使用外周血进行检测。
2. 数据产出
3. 生物信息学分析:实验室可根据检测基因突变类型和范围,参考《遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨(3)》,搭建相应的分析流程。需使用已知阴阳样本或质控品对所搭建流程的分析能力进行测试与确认,并确定质控参数。
4. 解读报告:报告内容:参考《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》
5. 检测结果的验证:在实验室没有建立成熟完善的质控体系之前,建议对所有阳性变异进行验证。
二、性能确认
实验室应优先选择国家药品监督管理局批准的试剂和仪器,如暂时无已获批的试剂盒,需按照实验室自建检测方法试剂的要求进行管理。所有相关的仪器、试剂、检测流程等均需进行性能确认。
1. 测序平台:测序仪安装时,需由厂方工程师按照说明书所注明的仪器性能指标逐项验证,达到厂方声称的指标并满足临床预期用途为合格。
2. 生物信息分析平台的性能确认:实验室可以选择测序平台配套的分析系统,也可以选择合适的算法和软件搭建本实验室的生物信息学分析流程,但均需要进行必要的性能确认。
3. 分析性能确认:分析性能确认应包括从核酸提取到生物信息学分析的全过程,建议实验室至少对精密度、准确度、分析特异度、检测限等指标进行确认。
三、质量控制
检测中:实验室应根据性能确认结果建立变异检测的标准作业程序,制定各个环节的质量控制参数,并从批次质控、样本质控、变异质控等维度进行质量控制。对整个操作流程中的关键数据进行记录。
整个检测流程中,应设置质控品,至少包括阳性对照和阴性对照。质控品应首要选择标准品,在无标准品或标准品不易获得的情况下,阴性质控品也可以选用经过确认的不含目标变异的已知阴性标本样本;阳性质控品也可以选用经过确认的已知阳性标本样本,或者经过验证的相关细胞系等。
对于批次质控,可通过批次测序数据的Q30、阴阳质控品检测结果的一致性进行质量控制;对于样本质控,可通过单样本测序数据的Q30、有效测序深度、性别一致性等进行质量控制;对于变异质控,根据在生物信息学分析阶段针对不同变异类型建立的分析质控参数进行质量控制,如对单核苷酸变异/插入和缺失变异,可采用阳性变异的突变频率(突变所在染色体的有效reads数/突变所在位置的所有有效reads数)、有效深度进行质控。
菁良遗传病质控品为试剂盒性能评价提供客观有效的评价手段,为遗传病分子检测质量控制提供可靠的技术支撑。
菁良遗传疾病分子检测质控品类型丰富,可提供杜氏肌营养不良基因检测gDNA参考品(DMD)、运动神经元存活基因检测gDNA参考品(SMA)、地中海贫血gDNA标准品、耳聋基因检测gDNA参考品、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因检测gDNA参考品(G6PD)、囊性纤维化跨膜电导调节基因检测gDNA参考品(CF),其余多项遗传病可定制。
参考文献
中国妇幼保健协会生育保健分会. 针对生育人群的携带者筛查实验室和临床实践专家共识 [J/OL] . 中华生殖与避孕杂志, 2024,44:网络预发表. DOI: 10.3760/cma.j.cn101441-20230829-00094.