Edman降解法耦合过程
异硫*酸苯酯（PITC）在多肽链的N端与a-氨基（或在脯氨酰残基带有亚氨基的情况下）进行反应，形成末端残基的苯硫代氨基甲酰基衍生物。Edman降解法最初使用吡啶来生成pH值为8.6的碱性环境，后来用的的替代品包括“Quadrol”、三甲胺和N-甲基**。然而Edman降解法需要游离的α-氨基，如果氨基已经被修饰将不能与PITC反应，那么该多肽就相当于是“封闭的”（例如，许多蛋白质就被乙酰基、甲酰基或焦谷氨酰基团封闭）。例如，微量的非离子型洗涤剂即会引起末端封闭。另外，肽本身可能根本不具有N端：如环状天然肽，环孢菌素。在没有游离N端的情况下，必须通过化学或酶促方法切割多肽以产生具有游离N端的片段。需要注意避免样品被含胺的非肽类物质（如trizma碱）污染，因为这些物质也可能与PITC反应并生成干扰后续分析的产物。PITC还会与水和一些难以在反应中被完全排除的其他分子发生反应，因此试验中总会发现一些副产物，例如二苯硫脲。尽量减少副反应有助于提高化学反应和后续分析的效率。与过去的手动测序法相比，自动测序法的优势之一就是可以做到这一点。
Edman降解法裂解过程
在强酸存在的情况下，裂解发生在第一个肽键上，从而得到减去第一个碱基的肽段和释放的第一个anilinothiazolinone (ATZ)形式的残基。洗掉其他反应物和释出的残基，缩短的肽段就可以通过另一轮偶联和裂解而释放出第二个残基，依此类推，直到最后一个氨基酸残基被释出。
目前，该裂解反应使用的是三氟乙酸（TFA）。因为要使多肽链内各点的酸水解最小化，需要尽可能的制造无水环境。这些都达成之后，可生成一个新的N端，从而对其进行测序。将这种酸裂解最小化可促使序列运行更持久、更清晰。
Edman降解法残基转化过程
通过有机溶剂，乙酸乙酯或氯丁烷，萃取，将ATZ残基与肽分离，然后将其向更稳定的苯硫代乙内酰脲（PTH）形式转化，以更好的进行分析。转化过程在含酸水溶液（25％TFA）中完成。一些经修饰的氨基酸残基（例如糖基化的天冬酰胺基）可能难溶于有机溶剂，因此在其序列中的相应点处显示空白。在固相测序中，当肽与固相支持物共价连接时，可以尝试其它ATZ残基的提取方法，但要注意的是，剩余的肽段不能被萃取或丢失（造成产量大幅度下降）。
Edman降解法PTH残基分析
由Edman降解的每个循环所产生的PTH残基通常用使色谱法进行鉴定，最初是薄层色谱法，后来是反相高效液相色谱法。通过与标准品比较，依次鉴定和定量来自每个循环的PTH氨基酸残基，并按从N端到C端的残基顺序描述序列。如果存在放射性氨基酸残基，则可以通过此阶段的活性来检测它们。
北京百泰派克生物科技有限公司采用岛津公司的Edman测序系统，能测定N端30个氨基酸的序列信息。采用其特定的蛋白上样系统，可以测定N端的60-70个氨基酸。同时，百泰派克还建立了以先进的LC-MS/MS技术进行蛋白质N端测序的平台，可以测出封闭和修饰的蛋白质末端，与Edman降解法形成互补，使得N端测序能顺利进行。