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CRISPR智库 | 基于CRISPR/Cas12a高灵敏检测HPV

作者:上海伯豪生物技术有限公司 2023-10-17T00:00 (访问量:20835)

准确灵敏的核酸检测在疾病评估中具有重要意义,尤其是在临床早期阶段。目前的核酸检测法以PCR方法为代表,具有较高的特异性和灵敏度,但同时也对专业设备和技术人员的要求较高,通常需要在实验室内进行。新冠大流行让人们意识到即时诊断的重要性,这就对核酸检测在速度和简便性上提出了更高的要求。

CRISPR/Cas系统原本是细菌免疫系统的组成部分,因其独特的反式切割活性可非特异性切割环境中的游离核酸,包括荧光报告分子,因而具备核酸检测的能力,并被开发为精准、快速、低成本和简便的分子检测工具,被称为下一代分子诊断技术。电化学发光(electrochemluminescence, ECL)是电化学和化学发光的结合,具有设备要求简单、 背景干扰低、 灵敏度高、 动态范围宽等优势,在生物分析和临床诊断中引起了越来越多的关注。近年来,CRISPR核酸检测技术也已从荧光信号检测迅速发展到与电化学检测联用,实现了靶标的精准识别和信号放大。但基于CRISPR的ECL传感器的应用受到了高背景干扰的限制,并且传统配合物的价格较昂贵、位阻较大,容易使检测的灵敏度降低,因此寻找高效、经济的ECL材料仍是十分必要的。 

江苏大学的Liu Pengfei团队在Biosensors and Bioelectronics期刊上发表了题为Cas12a-based electrochemiluminescence biosensor for target amplification-free DNA detection的论文,该研究构建了一种新的基于CRISPR/Cas12a的ECL生物传感器L-甲硫氨酸稳定金纳米团簇(Met-AuNCs)。A金纳米团簇是一种新兴的绿色纳米材料,具有优异的生物相容性和电化学特性,而Met-AuNCs作为高效ECL发射器实现ECL信号转换。用于HPV-16 DNA的免扩增检测。

 

01Met-AuNCs CRISPR系统的原理

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Met-AuNCs CRISPR系统的工作原理如图1所示。 在电极表面修饰Met-AuNCs以获得原始信号。二铁标记的硫代单链DNA (SH-ssDNA-Fc)作为非特异性ssDNA随后被固定在Met-AuNCs表面以抑制其释放。当靶HPV-16 DNA存在时,Cas12a被激活并切割ssDNA,通过记录不同浓度靶HPV-16 DNA的ECL信号实现定量检测。

图1.Met-AuNCs CRISPR系统的工作原理  
 02Met-AuNCs CRISPR系统具有高灵敏度

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为了提高Met-AuNCs CRISPR系统的检测灵敏度,作者首先对TEA、SH-ssDNA-Fc、Cas12a/crRNA的浓度以及Cas12a在SH-ssDNA-Fc上的裂解时间等几个重要反应条件进行了优化(图2)。

图2.Met-AuNCs CRISPR系统检测HPV的反应条件优化

 

在最佳反应条件下,作者随后采用一系列不同浓度的HPV-16 DNA加入Met-AuNCs CRISPR系统中。在室温下孵育10分钟以激活Cas12a的反式切割能力,再将经过修饰的电极用上述反应液处理,在ECL检测。如图3所示,作者观察到Met-AuNCs的ECL强度会随着HPV-16 DNA浓度的提高而持续增加,Met-AuNCs CRISPR系统检测HPV-16的检出限(LOD)可达到0.48 pM的水平(图3)。这一灵敏度要比目前已发表的几种CRISPR电化学检测系统的检测水平都要高(表1)。

图3.ECL强度与HPV-16 DNA浓度呈线性关系  

 

 

03Met-AuNCs CRISPR检测系统的其它优势

 

 

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 除灵敏度高以外,作者在Met-AuNCs CRISPR检测系统中采用HPV-18 DNA为干扰剂检测HPV-16 DNA(图4A),测试结果表面该系统具有优异的特异性,这很大程度要归功于CRISPR/Cas12a系统自身优秀的识别能力;此外,在相同的实验条件下,作者还对不同浓度的靶标DNA进行5次平行测试(图4B),测试结果表明Met-AuNCs CRISPR检测系统具有较高的重复性。

4. Met-AuNCs CRISPR检测系统的特异性和重复性

 

  

综上所述,作者提出了一种基于Met-AuNCs ECL材料的CRISPR/Cas12a检测系统,用于HPV-16 DNA检测。 得益于CRISPR/Cas12a系统的反式切割信号放大以及Met-AuNCs高效的ECL反应水平,该系统对目标HPV-16 DNA检测具有超高的灵敏度,并优于大多数的免扩增CRISPR技术。上述研究表明Met-AuNCs CRISPR检测系统在临床诊断中具有广阔的应用前景,并为即时检测提供了新方案。

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