环境微生物多样性分析

        为给客户提供更好的微生态服务，公司于2014年特成立微基生物科技（上海）有限公司，统一使用“微基生物/ TinyGene” 品牌，专门提供微生态、微生物多样性分析服务，欢迎访问 www.tinygene.com 网站，400咨询电话： 400-660-9270

        对于环境微生物多样性的研究，传统分析方法（如DGGE、构建文库等）因操作复杂、成本高、

痕量菌发现困难等因素无法达到深入研究环境微生物多样性的目的，新一代高通量测序（ Roche

GS FLX或Illimina）技术随之而生。该技术不仅保存了原有分析方法的优势，无需对自然界微生物纯

培养，扩大对自然界微生物的认知范围，而且富有自己独特的特征，加深了我们对环境微生物测序

的深度，灵敏的探测出环境微生物群落结构随外界环境的改变而发生的及其微弱的变化，对我们研

究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。

高通量测序技术优势

1.测序通量高，可检测到环境样品中的痕量微生物。

2.实验操作简化，无需构建复杂的基因文库。

3.PCR产物可直接进行测序，结果稳定，重复性强，实验周期短。

4.测序数据便于后期生物信息学分析，实验结果更能全面的反应环境中菌落的特点。

凌科生物的技术优势：

1. 凌科生物是国内目前唯一一家使用 低偏差扩增测序（LEA-Seq） 来建立扩增文库的。与常规建库方法相比，

LEA-Seq更能准确的反应出样本微生物真实的多样性分布。

2.  目前高通量测序平台中，illumina Miseq 平台对于环境微生物样本的研究更经济实惠，凌科生物是国内首家

采用illumina-Miseq 2x300bp平台（目前illumina平台中最长）来进行微生物多样性研究的公司。

3.  凌科生物可针对原核生物9个V区分别进行了测序分析优化，可根据客户样本情况，选择最优分析区域进行分析，

也可针对多个区域分别进行分析。

4. 凌科生物可根据客户需求，针对功能基因，开展个性化建库及分析。 此类方法，可针对属内各种，甚至亚种，

进行细致的分类分析，与环境数据结合，可用于某类微生物精细的分类及进化研究。 

技术路线：

 

基因组DNA抽提

 

 

 

扩增区域的选择:

1.细菌16S区域的选择

 

 

2.真菌18S区域的选择

 

 

原核微生物16S及真核微生物18S PCR扩增

      
       根据样品基因组DNA浓度及预实验电泳结果，调整模板的量及PCR循环数。确保每个样品扩增结果亮度明显，

条带单一。

多样本平行测序

1.多样本同时进行高通量测序，样本数目高达100个。

2.各样本之间通过tag标签进行区分。

3.凌科生物自己开发了一套稳定的多样本平行测序分析方案，分析结果准确详尽。

生物信息学分析

1.数据统计分析

有效序列及优化序列的数据统计，可提供准确的数据产量的统计

2.数据回归样品

根据taq信息将测序数据回归样品

3.单样品数据分析

1）计算菌落多样性和丰度指数

 

 

2）取样深度测试（Rarefaction Curve）

3）序列聚类OUT分类学表

 

 

4.多样品数据分析

1）各样品群落结构分析柱状图或者饼状图

 

2）全样品相似度分析树状图

3）样品OTU分布比较-VENN图

4）Heatmap热图分析

5）组间显著性差异分析（metastats分析）

6）PCA分析(Principal Component Analysis)

7）RDA分析

8）UniFrac PCoA分析

9）进化树分析

10）OUT分类学信息统计表