t-NAS: 转录组新可变剪接位点的发现 (transcriptome-Novel Alternative Splice site discovery)

推广价：3.8万/个（可以包括两个实验重复）；4.8万/组（包括两个生物学样品，每个样品可包括2个实验重复）; 5.8万/组 (包括三个生物学样品，每个样品可以包括2个实验重复)。对您感兴趣的问题进行更深度的科学分析和亮点挖掘另外加2万/组。

本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；发现您样品中的新可变剪接事件，揭示出的重要科学问题进行中肯分析；让您快速“发现”所关注生物学问题，医学问题和农业问题的答案。

技术路线：

1.      Pretreatment（有效序列Reads提取）

l  高通量测序质量评估，获得测序有效读长。

l  剔除每条序列中的index序列和adaptor序列。

l  获得有效序列总数。

2.      Mapping (全基因组定位)：让您“看见”自己样品中mRNA和ncRNA的分布状态。

l  Reads mapping: total mapped, unique mapped, multiple mapped.

l  Genomic distribution of the mapped reads。包括不同基因区域分布分析：

       （1）mRNA and ncRNA region

       （2）sense and antisense region

       （3）5’UTR, CDS, 3’UTR, intron, intergenic region

3.      mRNA coverage analysis（mRNA覆盖度分析）：让您“看见”自己样品中mRNA的质量和特征。

l  盒须图分析mRNA不同区的reads coverage，以intron区作对照。

l  Reads 在均一化的mRNA上的分布图。

4.      Expression analysis (mRNA 表达量分析)：让您“看见”自己样品中每个基因的表达量。

l  通过严格的标准化获得您样品中每个基因的可信表达丰度。

l  根据表达丰度对您样品中的基因分布趋势进行可视化。

5.      Discovery of novel alternative splicing (AS) events and mRNA isoforms (发现新的可变剪接事件和mRNA同源异形体产物)：让您快速“发现”多种可变剪接产物mRNA及其介导编码的蛋白质水平变化；“认清”新的可变剪接对你所感兴趣生物学、医学和农业问题的重要贡献.

   对流程步骤1中获得的有效Reads进行mRNA“定位”，发现新的剪接结合处（SJ）。从其中寻找剪接事件并对其分类：

        外显子跳跃（exon skipping）

        互斥性外显子（mutual exclusive exon）

        可变5’剪接位点（alternative 5’ss），包括可变5’转录起始位点

        可变3’剪接位点（alternative 3’ss），包括可变3’多聚腺苷化位点

        内含子包含（intron retention）

l  对新的内含子包含（intron retention）事件进行单独分析和发现。

l  对新的剪接事件进行统计分布分析。

l  对新的剪接事件所产生的新剪接产物进行特征分析，“察清”其对基因表达水平和所编码蛋白性质的潜在影响。

l  对新的剪接事件涉及的基因进行功能聚类分析。

l  结合您的前期研究成果和您研究领域的进展，给出您新的科学发现。

6.      为客户提供验证新AS的实验方案。

7.      为客户提供验证新科学发现的实验方案。

我们的承诺：

l  提交您专业的项目结题报告。

l  一个生物学样品分析完成时间一般为5-7个工作日，每加一个样本增加2-3个工作日。

您需要提供的样品：

l  如果您的RNA-seq过程不是在本公司完成，请您提供原始测序数据，样品介绍，以及您的项目需求。

l  分析结果的可信度和深度依赖于您的测序质量和有效reads的数量。

l  高度推荐75-nt以上的序列。