一箭三雕，一张芯片同时检测 lncRNA、circRNA、mRNA。

1、ceRNA 芯片设计了 173011 个探针，其中 mRNA 探针 34549 个，lncRNA 探针 32953 个，circRNA 探针 105509 个。mRNA 来源于 refseq（25830）和 ensembl（8719）；lncRNA 分别来源于 Ensembl（28130）、lncipedia（4822）、genecode（1）3 个数据库。circRNA 探针有 105509 条。
2、LncRNA 主要包含 lincRNA，antisense lncRNA，bi-directional lncRNA 三大类，避免了 lncRNA 和 mRNA 的相互干扰，提高了 lncRNA 的检测有效性和准确性。该版本芯片也剔除了上一版本中没有明确注释信息的 lncRNA。
3、CircRNA 依然是该芯片主要的检测对象，与 V2.0 版本相比，circRNA 的探针数目由 88750 增加到了 105509，除了涵盖 2.0 版本的 ciccFRNA 外，还增加了与 miRNA 有多个结合位点的 circRNA，提升了 circRNA 作为 ceRNA 参与疾病调控的机制研究的效率。circRNA 特异性高：circRNA - 特异的反向剪接位点探针设计，保证每个探针检测的特异性，避免与母基因之间的冗余影响。
4、ceRNA 芯片 采用 Agilent eArray 平台设计，使用 Agilent SurePrint 技术合成，探针长 60mer，检出率高，技术重复性高于 99%，稳定性好；能够比高通量测序技术更灵敏、稳定地对表达丰度较低的 circRNA、lncRNA 进行检测分析。
5、ceRNA 芯片 覆盖 circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息，circRNA 和 lncRNA 作为典型的内源竞争性 RNA（ceRNA 机制），此款芯片更适合 ceRNA 调控研究。
6、除了常规的组织和细胞样本以外，还适用于外泌体，血清，血浆等特殊样本的检测。


1、更适合检测微量样本：特异性检测血清、血浆、外泌体等微量特殊样本中 lncRNA 和 circRNA，避免 rRNA 或外源性序列干扰。
2、更全面的 circRNA 信息：涵盖截至 2020 年 6 月全球主流数据库中的 circRNA 序列 105509 条，并进行了细致注释。
3、更适合检测 lncRNA：芯片比测序更适合检测低表达丰度的 lncRNA 分子。
4、更丰富的芯片实验经验：拥有超过十五年的芯片实验经验，轻松应对各种来源的样本。
5、更系统的实验服务：筛选出候选 lncRNA 和 circRNA 后，配套丰富的 lncRNA 功能验证实验服务。


Agilent 芯片平台


1、成熟的服务平台：稳定而系统的芯片实验全面解决方案，可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。
2、专业的实验人员：从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员，具有丰富的芯片实验操作经验，遵循严格的质控标准，层层把关确保高质量完成实验。
3、强大的分析团队：实战经验丰富的分析团队，除能快速完成基础分析外，还能根据客户需求完成个性化分析，提供各类高大上的图表。
4、稳健的支持团队：一对一服务，为您解决项目全过程中的各类问题，包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。

案例一

胶质母细胞瘤（GBM) 是常见的原发性恶性脑肿瘤，多发生于中枢神经系统，是人类致命的癌症之一。传统的 GBM 治疗方法术后易复发，预后差，平均存活期约为 15 个月，而个性化治疗往往存在成功率低且副作用大的问题。因此，急需开发新的特别是那些针对复杂基因调控网络的治疗方法。

本研究利用 ceRNA 芯片（上海伯豪提供）筛选 GBM 中差异表达的非编码 RNA，通过 TargetScan 预测和 pulldown 实验，锁定了研究目标 circRNA—circNT5E。体内外表型研究结果显示 circNT5E 不仅对 GBM 细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭有影响，还能有效促进体内 GBM 肿瘤的形成。功能研究实验结果显示 circNT5E 通过与 miRNA-422a 的结合，解除 miRNA-422a 对其下游靶基因的抑制作用，激活 Akt、Smad2 等信号通路来影响 GBM 细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭。

作       者：Wang R, Zhang S, Chen XY, Li N, Li JW, Jia RC, Pan YQ, Liang HQ.
项目发文：CircNT5E acts as a sponge of microRNA-422a topromote glioblastoma tumorigenesis. Cancer Res. 2018. 78(17):4812-4825.

案例二

肺癌是常见的癌症，80-85% 的人类肺癌是非小细胞肺癌（NSCLC），其中肺鳞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）是主要的亚型。目前用于特定基因突变的靶向药物的开发极大地改善了晚期 LUAD 患者的治疗效果，但这一方法对 LUSC 见效甚微。因此，进一步了解 LUSC 发展的分子机制对于开发更有效的治疗方案至关重要。

研究人员利用 ceRNA 芯片（上海伯豪提供）对 LUSC 及其临近正常组织进行了 circRNA 检测，通过共表达分析及 qPCR 验证，确定目标 circRNA-circTP63。体内外敲减及过表达实验表明 circTP63 能够促进肿瘤细胞增殖和肿瘤生长，且与细胞周期进展相关。共表达分析及 circTP63 敲减 / 过表达分析，确定 FOXM1 为 circTP63 靶基因。进一步生信分析及功能获得 / 缺失实验确定 circTP63 是通过 miR-873-3p 作用于 FOXM1 及下游基因 CENPA 和 CENPB，促进细胞周期的进展，进而促进 LUSC 细胞的增殖和肿瘤生长。

作       者：Cheng Zhuoan, Yu Chengtao, Cui Shaohua et al.
项目文章：circTP63 functions as a ceRNA to promote lung squamous cell carcinoma progression by upregulating FOXM1.[J] .Nat Commun, 2019, 10:3200.