生物活性库包括：药物数据报道数据库(Drug Data Report, MDDR)，综合药物化学三维结构数据库(Comprehensive Medicinal Chemistry-3D)。代谢、毒性数据库Metabolite和Toxicity。

生物活性数据库
      药物数据报道数据库 (MDL Drug Data Report，MDDR)：作为Prous Drug Data Report的电子版本，MDDR包括了大约233,000种候选药物的化学结构及3D模型、生物活性、专利和版权信息及参考文献等。这些候选药物或已成药，或处于临床研究期间。在每月公布的专利中，新的具有生物活性的化合物都加入到数据库中，并且追踪临床试验的进展。作为当前的一种掌握信息的工具，MDDR在了解医药工业发展、追踪竞争对手的研究进展方面很有价值；作为一种研究手段，它在确定结构特征对特定的生物活性的影响方面，是一个极好的选择。
      综合药物化学三维结构数据库 (Comprehensive Medicinal Chemistry，CMC)：综合药物化学三维结构数据库含有9,500（1900年至今）多种化合物，包括它们的二维结构、三维模型以及重要的生化特征。所有这些化合物曾作为药物试剂进行过人体实验。它是根据Pergammon出版的<<综合药物化学>>一书所载的信息发展而成的。数据包括药物名称同义词、药物分类、LogP值和pKa值，还包括美国化学文摘社(CAS)登录号和参考文献。综合药物化学三维结构数据库中的药物信息中不仅含有已知的和人们关注的生物活性，还能进行基于结构的计算以进行构效关系（SAR）的研究，从而使它成为一种在探索构效关系(SAR)、预测和改进药效基团特性等方面十分有用的工具。
      代谢数据库 (Metabolite)：代谢数据库是一个完整的代谢信息系统，其中包括衍生化合物代谢转变过程的扩展数据库、检索和显示代谢过程的Isentris图形化界面工具以及配套的登录程序，该程序可将科研人员自身的专有研究加入系统。代谢数据库包括了自1901年开始的研究，主要资料来自于Pfeifer和Borchert编著的<<药物的生物转化>>、<<药代动力学>>等著作。该库把关于68,200种母体化合物、114,000多个反应的实验结果综合在一起，并划分为多分支体系以便查看。数据库包括了种类、药物吸收和分泌途径、分析方法学、母体化合物分类、生理活性、酶的信息、生物利用度等内容。数据库每六个月更新一次，最新资料的多少依赖于发表的最新研究数量，但通常每年大约有3,000条转化信息加入到代谢数据库之中。同时，代谢库还可与毒性数据库联合使用，轻点鼠标即可在化合物的毒性和代谢数据间灵活切换。
      毒性数据库 (Toxicity): 毒性数据库涵盖了现今报导过的化合物的毒性和毒理数据，包括急毒、致畸、对皮肤和眼睛的刺激、致癌及多剂量效应等体内和体外的实验结果。数据资源来自于美国国家职业安全和健康研究所(NIOSH)的化学物质毒性作用登记数据库(RTECS)。这个数据库中包括了超过172,000种化学物质，其中三分之二是药物和有希望成药的分子，其它的来自于其它领域，例如：农业化学、石油化工、塑料制造业、香料和调味剂、动植物提取物、无机化合物和金属有机化合物。

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